Согласно Положению "Об осуществлении контроля и надзора в сфере правовой охраны и использования результатов интеллектуальной деятельности гражданского назначения, созданных за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, а также контроля и надзора в установленной сфере деятельности в отношении государственных заказчиков и организаций - исполнителей государственных контрактов, предусматривающих проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ" (утв. постановлением Правительства РФ от 26 января 2012 г. №9) федеральный госнадзор за правовой охраной и использованием результатов интеллектуальной деятельности гражданского назначения, созданных за счет средств федерального бюджета возложен на Федеральную службу по интеллектуальной собственности, которую вывели из ведения Минобрнауки России и подчинили непосредственно Правительству РФ.
Осуществление госнадзора за деятельностью госзаказчиков и исполнителей НИОКР будет осуществляться путем проведения плановых и внеплановых проверок. План проверок на год составляется с учетом данных реестра результатов НИОКР гражданского назначения, выполняемых за счет федерального бюджета, реестров охраняемых результатов интеллектуальной деятельности, а также госконтрактов, заключенных от имени Российской Федерации.
Установлен перечень документов, рассматриваемых в ходе проверки. Это, в частности, госконтракты, акты сдачи-приемки НИОКР, отчеты о НИОКР и проведенных патентных исследованиях, официально опубликованные заявки и патенты, инвентаризационные описи, ведомости, лицензионные договоры и др.
При выявлении нарушений выдаются предписания об их устранении. В случае их неисполнения (ненадлежащего выполнения), а также если нарушены права России, отечественных юридических и физических лиц на результаты интеллектуальной деятельности, материалы проверки передаются в правоохранительные органы. Они также направляются в Счетную палату РФ, Росфиннадзор и иным органам власти. Прежний порядок контроля за правовой охраной и использованием результатов НИОКР в данной сфере утратил силу.